А вы свой файл favicon.ico проверяли? Он многослойным может быть и в него могут быть заложены разные разрешения изображения. Есть немало программ для создания ico - откройте и посмотрите. При необходимости исправьте.
Посмотрите, например, как в бесплатной программе
Greenfish Icon Editor отображаются три разных разрешения одной и той же иконки:

https://favicon.yandex.net/favicon/v2/kansk-24.ru?size=32&stub=1
а в версии 16px берёт правильную.
https://favicon.yandex.net/favicon/kansk-24.ru?size=16&stub=1
На выдаче ПС показывает на весь мир неправильную.
Сама иконка состоит из одного фрейма в 16px рисунка.
Яндекс на звонки, обращения не реагирует. Мего-транснациональной корпорации не до иконок (это вам не какой-то там google-шмугл).
Как исправить самому это?
P.S. Про переиндексацию сайта через кабинет веб-мастера писать не нужно. Знаем, плавали, не первый год.