Здравствуйте. Способ печати зависит от ваших задач. Но если говорить о рентабельности, то вам обязательно нужно обращаться в типографию. Флексопечать вам поможет только если все этикетки абсолютноо одинаковые. Если же на этикетках есть переменные данные, вам нужна цифровая рулонная печать. О ней подробно написано тут
https://samokleika.ru/samokleyashiesya-etiketki/rulonnaya-cifrovaya-pechat-etiketok/