органицация принимает на склад МПЗ. Вопрос - у неё может НЕ вестись учёт ТЗР?

Надо определить один раз, что вы будете включать в ТЗР и закрепить локальным документом. Если учетная политика уже принята, и там не содержится положение, то оформляйте приказом, который тоже будет считаться элементом учетной политики. Например, если вы определите, что в ТЗР входят транспортные расходы, аренда склада и зп кладовщиков, то у вас не будет сомнения по поводу остальных расходов. А можете в ТЗР включать лишь услуги сторонних организаций по доставке грузов - если именно так пропишите в своей УП.
Это надо сделать один раз - о обязательно. Иначе не сможете поддерживать единообразие учета.