Можно ли, работая на ИП, платить налоги в мой налог для физлица?

Да конечно

Если работать на ИП, то НДФЛ обязан удерживать ИП при выплате. Если сотрудничать с ним по договору ГПХ в качестве самозанятого, то НПД платить самому в приложении "Мой налог".

можно

Смотря о чем вы договаривались с ИП. Бывают случаи, что человек приходит устраиваться на работу, а его просят стать самозанятым. Платить налоги как самозанятый можно, но надо понимать, что в этом случае не будет ни стажа, ни больничного, ни скорее всего отпуска. Потому что по факту самозанятый не работает на ИП, а оказывает ему услуги.