Если есть чек об оплате госпошлины в УФМС, его в любом отделении по вопросам миграции должны принять или нет?

Не видно, что именно вы оплачивали. Но. Щас нет фмс, теперь это овм. Если вы оплатили услугу, например, паспорт, но отменили, отказали, в итоге паспорт не оформлен -тогда можно использовать пошлину заново, подав новое заявление. Но только в этом овм. В регионах свои реквизиты для оплаты. В другом овм даже в этом же регионе у вас не примут эту пошлину. Деньги можно вернуть в течение 3 лет со дня оплаты.
Вы оплачивали не на госах, поэтому на госах заявление на возврат не подать, только лично в овм.