Как процессор определяет с какой линии ему питатся если линий питания и заземления больше чем фаз на материнской плате?

Ты что же думаешь с каждой фазы ток идет на определённый контакт проца?
Нет, там сложная система коммутации.
На контактах проца токи маленькие, поэтому их (питающих) контактов много, некоторые дублируются. На выходе с lc фильтра ток большой, поэтому их (линий) меньше, чем контактов. Ещё и внутрях проца токи распределяются.
А в каком порядке и на какие контакты система питания начинает это самое питание подавать - мало кому известно, да и рядовому юзеру это не надо.