Счет на оплату не является первичным документом?

Да, не является. Его, вообще, может даже не быть. Счет, это просто информация о реквизитах и сроках оплаты. В принципе, вся эта информация может быть прописана в договоре или в приложениях к договору. Счет просто удобен для работы.