Для чего в виндовс так много шрифтов если пользователи в основном используют не больше трех?

Для текстовых редакторов, офисных приложений, графических редакторов и прочих приложений.
Все они берут тексты из базы Windows.

То, что конкретно ты пользуешься двумя-тремя шрифтами - сугубо твой выбор)
Да и хлеба они не просят, лежат себе в системной папочке и не напоминают о себе особо.