Можно ли поставить на учёт специализированное авто без педалей уже стояла на учёте у физ лица

Можно, я разрешаю.

Можно, если все особенности конструкции зарегистрированы

Я распродавал учебные машины, так на одну пришлось мне самому сначала внести изменения( снятие дублирующих педалей), потом продавать. Остальные продавал с педалями и предупреждал, чтобы не выбрасывали, иначе не зарегистрируют.