В чём разница между приложением rufus и microsoft creation tool при создании установочной флешки

обе программы шлак

Руфус простой и весит немного, но качественно выполняет свою функцию

В rufus можно задать дополнительные параметры загрузки.

rufus это неофициальная программа, а microsoft creation tool официальная, и с помощью нее можно поставить только актуальную винду, а через rufus для всех OS, хоть ubuntu 15

С помощью Microsoft creation tool можно создать загрузочную флэшку или ISO только для Wimdows 10/11
С помощью Rufus можно создать загрузочную флэшку для всего

загрузочную флешку с виндой лучше всего делает UltraISO
https://lrepacks.net/repaki-sistemnyh-programm/74-ultraiso-premium_amp-portable.html