Что делать когда запускаю php скрипт через командную строку, но открывается окно...

Чтобы запускать PHP-скрипт через командную строку, нужно указать путь к исполняемому файлу препроцессора PHP и через пробел - путь к скрипту. Например:

 C:\WebServer\php\php.exe C:\WebServer\mysite\script.php 

Таким образом вы запустите обработчик PHP, передав ему аргументом – путь к файлу сценария.

Простой ввод пути к файлу в командной строке интерпретируется операционной системой как желание открыть файл, и если не сопоставлены ассоциации для расширения *.php – он как раз и запросит, какой программой открыть этот файл.

Как таковой PHP можно скачать с официального сайта: https://windows.php.net/download/ . Лучше использовать версии "Threat safe". Версия VS/VC зависит от версии операционной системы.