Вызов lower без круглых скобок: lower — это метод, и его нужно вызывать с круглыми скобками, чтобы он корректно работал. Исправьте это на lower().
exitonclick() расположен внутри цикла for, что приведет к выходу из программы после первой итерации цикла. Эту строку нужно вынести из цикла.
exitonclick() должен быть вызван для экземпляра Screen, а не просто висеть в воздухе. Если он висит вне функции fences_link, он не вызовется, потому что нижняя часть функции не выполнится из-за неправильного сравнения строк (пункт 1).
У вас несколько раз повторяется один и тот же блок команд рисования. Чтобы упростить код, можно поместить этот блок во внутренний цикл.
Вот исправленная версия вашего кода:
from turtle import *
def fences_link():
output = input('Введи корпус: главный корпус/приемная жителей').lower()
penup()
goto(-215, 0)
pendown()
if output == 'приемная жителей':
color('green')
elif output == 'главный корпус':
color('blue')
for i in range(4):
for j in range(2):
left(90)
forward(50)
right(90)
forward(25)
right(90)
forward(50)
left(90)
forward(25)
penup()
fences_link()
exitonclick() # Вызываем exitonclick() для экземпляра Screen
После внесения этих изменений ваш код должен корректно запросить у пользователя ввести тип здания и нарисовать забор соответствующего цвета. exitonclick() вызывается в конце, чтобы окно turtle закрылось при клике.