Какова должна быть файловая структура сайта

Файловая структура должна быть логичной и последовательной. И никаких "точно должно быть" в файловых структурах не существует. В каждой CMS и в каждом фреймворке своя структура директорий: как разработчики захотели, так и сделали.

Не существует никакого единственно правильного способа.

Попробуй самостоятельно посмотреть на варианты файловой структуры в разных бесплатных CMS. Заодно посмотришь, как в них конфигурации (начиная с подключения к БД) хранятся.