Перфектные времена в английском

Времена Present Perfect и Present Perfect Continuous в английском языке действительно могут вызывать затруднения. Вот некоторые основные различия между ними:

Present Perfect (What have you done?)

Используется для действий, которые произошли в прошлом, но имеют связь с настоящим.
Обычно используется, когда важен результат действия, а не сам процесс.
Present Perfect Continuous (I’ve been waiting for you)

Используется для действий, которые начались в прошлом и продолжаются до настоящего момента или только что закончились и имеют видимый результат или влияние на настоящее.
Обычно используется, когда важен сам процесс действия.
Теперь посмотрим на ваши примеры:

What have you done? - Этот вопрос задается, когда нас интересует результат действия, которое произошло в прошлом. Например, вы видите, что комната в беспорядке, и спрашиваете у ребенка: “Что ты наделал?”.
What did you do? - Этот вопрос задается, когда нас интересует конкретное действие, которое произошло в прошлом. Например, вы хотите узнать, что ваш друг делал вчера: “Что ты делал?”.
I’ve been waiting for you - Это предложение говорит о действии, которое началось в прошлом и продолжается до настоящего момента. В данном случае, человек ждет вас уже некоторое время и продолжает ждать.
I’m still waiting for you - Это предложение также говорит о действии, которое началось в прошлом и продолжается до настоящего момента. Однако здесь акцент делается на продолжительности действия.

Perfect используется, когда фраза фокусируется на результате (который есть в настоящем), а Past Simple - когда фраза фокусируется на самом действии в прошлом. На русский они будут переводится обычно одинаково. В тех случаях, когда используется Perfect, как правило к фразе можно добавить "к настоящему моменту". (К настоящему моменту) я был в Париже 2 раза, это результат, поэтому будет Perfect. Я был в Париже прошлым летом - здесь нельзя добавить "к настоящему моменту", потому что просто описывается действие в прошлом, так что будет Past Simple.

Тонкости употребления этих времён обычно даются не сразу. Я не особо спец., но могу предложить (как вариант) - прежде чем думать о том какое время употребить по Английски, как следует внимательно по Русски продумать СМЫСЛ того, что вы хотите сказать - именно тонкости и оттенки СМЫСЛА, а не ФОРМЫ - форма по Русски часто одна и та же, а именно тонкости у нас передаются интонацией, а у них - за счёт изменения структуры предложения. Поэтому нужно чётко представлять суть передаваемой информации.И не спешить - осваивать эти штуки постепенно.
Как выше сказано, Простые времена - это ДЕЙСТВИЯ и не более того.
Свершённые времена - это РЕЗУЛЬТАТЫ действий.
Строили, строили и, наконец построили - Строили (действие), построили (результат - что-то оказалось построенным). We built, built and have built (at last).
Возможно это корявый (с точки зрения согласования времён) пример, но это для понимания различий.
А ещё результатом может быть ВРЕМЯ - ПРОДОЛЖИТЕЛЬНОСТЬ ДЕЙСТВИЯ.
Сколько (времени) вы работаете на этом заводе?
Обычно по английски это звучит - Сколько времени вы уже к данному моменту ПРОРАБОТАЛИ - How long have you worked here? I have worked here for 10 years (already).
Иногда здесь может использоваться Perfect Continuous , но это когда требуется подчеркнуть, что проработал и продолжаю работать, но это реже ,чаще просто пефект.

The present perfect tense usage.
Форма: вспомогательный глагол have/has и причастие прошедшего времени от смыслового глагола.
1. Событие, произошедшее или не произошедшее к данному моменту, результат. I have left my shopping bag behind. Я забыл свою авоську. I haven't called her. Я ей не позвонил.
2. Состояние, длящееся до настоящего момента. I’ve been tired. Я устал.
3. Обычное действие или привычка, существовавшие до сих пор. I have never worn long skirts. Я никогда не носила длинных юбок.
4. События, произошедшие в текущем отрезке времени. I haven’t seen her today. Мы с ней сегодня не встречались.
5. Несколько событий, произошедших на данный момент. I have been to Paris three times. Я побывал в Париже три раза.
6. Состояние к текущему моменту с указанием длительности с глаголами, не использующимися в продолженной форме. I have known him for two years. Я знаю его уже два года.
7. События, которые состоятся к будущему моменту, в дополнительных предложениях. I will give you the book when I have read it. Я дам тебе эту книгу, когда прочитаю её.
8. С вопросительными словами how many/how much в предложениях, где не указано время события. How many pages have you read? Сколько страниц ты уже прочитал?
9. Для подчёркивания недавности произошедшего события. I have just called her. Я только что ей позвонил.
The present perfect continuous tense usage.
Форма: вспомогательные глаголы have/has been и причастие настоящего времени от смыслового глагола.
1. Длительное действие, которое началось в прошлом и продолжается до сих пор, с предлогами since/for. I have been walking for three hours/since morning. Я иду уже три часа (с утра).
2. Объяснение нынешнего состояния. I am tired because I have been digging the garden. Я устал, потому что копал огород.
3. В вопросах, начинающихся с how long/since when. How long have you been waiting? Сколько вы уже ждёте?
4. Вопрос с критикой: When have you ever been cooking? Да, когда же такое было, чтобы ты готовил?

what have you done? - a result
what did you do? - just a fact
I've been waiting for you - ты концентрируешь
внимание на длительности данного процесса,
т.е. важно сам по себе насколько долго это было
обычно с этим временем используется since or for
I'm still waiting for you - важен просто сам процесс
который длился какое-то неопределенное время