Почему "кафе" читается как [кафэ] (твёрдо), а "кофе" как [коф'э] (мягко)? Окончание одинаковое, а читается по-разному.

так почему не "кафэ" тогда?

ну так почему читается по-разному?

Слово кафе заимствовано из французского языка. Произношение сохранилось. В заимствованных словах перед звуком [э] может произноситься как мягкий согласный звук (пике, тетрадь, демократ, эпидемия), так и твердый (карате, варьете, пенсне, пюре, теннис, идентификация, дзен). В первом случае буква е обозначает мягкость предшествующего согласного, во втором — нет. Заимствованные слова имеют тенденцию к смягчению согласного перед [э], так как в русских словах перед [э] произносится только мягкий согласный. Например, раньше слово музей произносилось с сочетанием [зэ], а теперь с [з'э]. Произношение некоторых заимствованных слов сейчас колеблется. Так, произносятся вариативно и с твердым, и с мягким согласным перед [э] слова бассейн, сейф, кемпинг.

Кофе - заимствование из английского (coffee) появилось на Руси вместе с самим продуктом в XVIII в., а восходит к арабскому qahwa. Говоря «кофе», вы произносите арабское слово. Когда-то оно было именем области Каффа в Эфиопии, родины кофейного дерева. Арабы сделали из этого свое «ка́хва», или «ка́ва», — название и для растения, и для его плодов, и для напитка из его зерен. Завезенное в Европу, арабское слово превратилось в Англии в «ка́ффи», у французов — в «кафэ́», в Германии — в «ка́ффе», в Нидерландах — в «kóffie». Из Голландии оно прибыло к нам. Наши прадеды превратили его в «кофей», подогнав его к уже привычному для них слову «чай»: «чайку-кофейку попить».