Я бы не рекомендовал наносить финишную шпаклевку прямо на обои, даже частично. Обои могут размокнуть от влаги, проклеенной шпаклевкой, и отклеиться от стены. Лучше всего сначала удалить обои, подготовить поверхность стены, а затем уже нанести шпаклевку. Если хочешь создать интересный дизайн с помощью трафаретов, то лучше сделать это на гладкой стене после удаления обоев.
Используй специальный шпатель для более равномерного нанесения шпаклевки.