Здравствуйте, я из команды Яндекса! Включить опцию «Избегать платных дорог» можно так: иконка профиля ?→ Настройки → Навигация → Избегать платных дорог:
Отмечу, что эта опция не работает в режиме офлайн. И маршруты, которые не проходят через пункты оплаты проезда, Навигатор не отмечает как платные.