Откуда Гарри знал Беллатрису Лестрейндж?

Ваши сомнения обоснованны: в книге "Гарри Поттер и Кубок огня" действительно не упоминается, что Гарри видел Беллатрису Лестрейндж в омуте памяти у Дамблдора. В этой книге Гарри присутствует на заседании Волшебного суда, где обсуждались дела Игоря Каркарова и Барти Крауча младшего, но Беллатриса там не упоминается.

Впервые Беллатрису Лестрейндж Гарри увидел в пятой книге серии - "Гарри Поттер и Орден Феникса". Как вы правильно заметили, это происходит, когда Сириус показывает ему семейный гобелен. Гарри узнает её как одного из злобных сторонников Волдеморта, что было связано с его предыдущими знаниями о ней, упомянутыми в книге, особенно в контексте убийства родителей Лонгботтомов, чем она прославилась среди сторонников Темного Лорда.

Таким образом, нет, вы ничего не пропустили. Скорее всего, это было просто упущение в рассказе или недоразумение в деталях воспоминаний персонажей.