Туя после зимовки стала коричневая.

Вы хотели, как лучше, а получили проблему...перестарались с укрытием.
Растение молодое и еще слабое, а вы его укутали так, что оно не видело ни света, ни воздуха.
Скорее всего это шютте...грибковое опасное заболевание. Грибок попал с осени, а в тех условиях, которые вы обеспечили туе на зиму (тепло и сыро), ему было вполне комфортно для размножения.
Это заболевание для молодых неокрепших растений – массовое заражение грибком в первые несколько лет жизни практически наверняка приводит к гибели дерева после засыхания всех побегов.
К сожалению при таком поражении туя вряд ли выживет.
Попробуйте обработать попеременно препаратами Абига-Пик, ХОМ, Ордан, Ракурс с периодичностью раз в 10-12 дней...может вытянете.

Конечно это может быть и другое заболевание...есть похожие, но болезнь поразила большой процент хвои, которая уже, к сожалению, не восстановится.

Это из за ведра сверху. В темноте растение почти погибло.