Как влияют скобки в Python? (X or Y) и X or Y

это программирование, детка

В первом случае (1 or 3 or 5) оценивается как 1, а во втором случае x == 1 or 3 or 5 оценивается как True, потому что 3 является истинным значением.

x = 3
if x == (3 or 1 or 5):
print('yes')
здесь напишет yes, так как 3 на первом месте

Скобки как и везде, помогают построить логические конструкции. В твоём виде просто упрощаем конструкцию и получаем вот такой вид

 x = 3  
if x == (True or True or True):  
    print('yes') # этот код выдает пустой результат

т.е.
if x == True:     
    print('yes') # этот код выдает пустой результат

т.е.
if False:      
    print('yes') # этот код выдает пустой результат 

 x = 3  
if x == 1 or True or True:  
    print('yes') # в то время как этот работает как надо

#т.е.
if False or True or True:   
    print('yes') # в то время как этот работает как надо

#т.е. 
if True:    
    print('yes') # в то время как этот работает как надо 

Предполагаю что в первом варианте ты хотел исполнить вот такую конструкцию

 x = 3  
if x in (1,3,5):  
    print('yes')