Cout перекрывает sepixel C++

Надо отделить графический вывод от текстового. Одним из способов может быть использование графического окна для рисования с использованием setpixel, а консольного вывода — только для текстовых данных и отладочной информации. Если ты работаешь в среде Windows, можно создать окно с помощью WinAPI или использовать библиотеки, такие как SDL или SFML для управления графикой. Это предотвратит любое взаимное влияние текста и графики.

Рисовать на форме, а не на консольном окне

используй BGI - под виндос есть версия. Там как раз создаётся окно с минимальным набором возможностей винды - отсутствует масштабирование окна за ползунки, но выводит графику и имеет возможность cout. зачем создавать велосипед