Летают. Там есть аэродромы. Но это только в целях снабжения полярных станций. Обычные коммерческие рейсы через Антарктиду не пролегают - они были бы невыгодны. Южные оконечности Австралии, Южной Америки и Африки образуют почти равносторонний треугольник, в центре которого лежит Антарктида, и летать между ними удобнее по сторонам треугольника, а не через его середину.