Как запустить Python файл не запуская виндовс.

Нужно создать загрузочную флешку

А файлы .py нужно скомпилировать в исполняемый код, и как-то (непонятно как) записать их на флешку, в загрузочный сектор

Нужен компилятор, который уметь создавать образ загрузочных дисков (если есть такие), который потом программой Rufus записать на флешку.

В Биосе должен быть включен режим legacy boot

Обычно систему для загрузочных дисков делают из ядра уже существующих: Windows, Linux, Dos, и в них уже запускается исполняемый файл, скомпилированный на одну из этих платформ. А тебе придется создавать новую операционную систему. И драйвера к ней надо как-то написать.

Ответ выше

Осталось ядро написать.

>Я написал что-то вроде операционной системы на Python
Почитай в учебнике информатики, что такое операционная система. Подсказка - это не окошки с рабочим столом и не командная строка.

> Мне нужно чтобы при запуске компьютера запускалось моя ОС
Выкидываешь всё, что написал на питоне с самим питоном вместе, учишь архитектуру компьютера, ассемблер и си, пока не поймешь, как писать софт для bare-metal, после чего берешь чей-то готовый uefi-загрузчик и делаешь что-нибудь к нему, что даёт какой-нибудь диалоговый интерфейс для пользователя. Софт для bare-metal (т.е работающий без операционной системы), реализующий пользовательский интерфейс - это по-прежнему не операционная система.

>мои .py файлы запускались вместо винды
Если нужно запускать именно питон - возьми загрузчик и ядро от встроенного линукса, добавь пакет с интерпретатором питона. К "своей" операционной системе это будет иметь такое же отношение, как и Болгенос.

Посмотри описание процесса загрузки. Узнаешь много интересного, но бесполезного на практике
Укажи флеш, как устройство загрузки. ЫЫЫЫ! Биос на пайтоне.