Как запустить Python файл не запуская виндовс.

>Я написал что-то вроде операционной системы на Python
Почитай в учебнике информатики, что такое операционная система. Подсказка - это не окошки с рабочим столом и не командная строка.

> Мне нужно чтобы при запуске компьютера запускалось моя ОС
Выкидываешь всё, что написал на питоне с самим питоном вместе, учишь архитектуру компьютера, ассемблер и си, пока не поймешь, как писать софт для bare-metal, после чего берешь чей-то готовый uefi-загрузчик и делаешь что-нибудь к нему, что даёт какой-нибудь диалоговый интерфейс для пользователя. Софт для bare-metal (т.е работающий без операционной системы), реализующий пользовательский интерфейс - это по-прежнему не операционная система.

>мои .py файлы запускались вместо винды
Если нужно запускать именно питон - возьми загрузчик и ядро от встроенного линукса, добавь пакет с интерпретатором питона. К "своей" операционной системе это будет иметь такое же отношение, как и Болгенос.