Уволят ли по соглашению сторон пока я нахожусь на больничном?

А Вам принципиальна эта статья увольнения, Вы рассчитываете получить какие-то выходные пособия от работодателя? При увольнении по соглашению сторон одна из сторон (работник или работодатель) может выступить инициатором увольнения, но вторая сторона запросто может отказать. Увольняйтесь по собственному, в таком случае если будут соблюдены сроки подачи заявления на увольнение, отказать не смогут.

Ты можешь сразу написать увольнение по собственному и 2 недели быть на больничном. Или в отпуске, так разрешается

Я, когда надоедало работать, ложился в дурку. И, когда приходил с больничным с печатью ПКБ, меня тут же спокойненько увольняли.

Через 2 недели после подачи заявления в любом случае уволят.
Не вижу особой разницы между собственным желанием и соглашением сторон.
Но если есть вероятность по соглашению, то попробуйте прямо сейчас подойти к начальству поговорить, может и согласится, без всякого бюллетеня. Хотя оплату за прогул (время на бюллетне) конечно потеряете.

Очень странный вопрос, а инвентаризацию и передаче материалов когда собираетесь делать? Вы материально ответственное лицо и хотите просто так слинять? Думаете вас просто так уволят?

а, почему вы решили, что по вашему заявлению "по соглашению сторон" вас уволить должны? увольнение по соглашению - это когда обе стороны на него согласны, так что работодатель в таком увольнении может отказать, имеет полное право.
если желаете уволиться, то и пишите заявление на увольнение по собственному желанию, подаете не позднее,чем за 2 недели до даты увольнения. не важно, где вы эти две недели проведете, на работе или на больничном, уволить вас обязаны в соответствии с вашим заявлением, по истечении срока уведомления, в указанную дату.
к сожалению для работодателя, не смотря на то,что вы является материально-ответственным лицом, процедура увольнения от этого не меняется , препятствовать вашему увольнению не имеют права даже если вы не будете участвовать в инвентаризации и не передадите вверенные вам материальные ценности.

а как же передача мат.ответственности...

Могут. По соглашению сторон можно уволиться в любой момент, если обе стороны согласны. И на больничном в том числе. Нннннннннно.
(магазин/склад строй материалов) пункт выдачи - а ревизия? ты ж явно матответственное лицо и никто тебя просто так не отпустит.

Если инициатором увольнения являетесь только Вы, то это "по собственному желанию", Если обе стороны, то "По соглашению сторон"
Хотите уволиться - пишите заявление по собственному и идите на больничный, на следующий день по окончании больничного вас уволят.