Почему не выполняется код js внутри php?

Я сомневаюсь, что так можно подкинуть JS-код.
Ты пробовал для начала console.log хотя бы кинуть так и посмотреть, выполнится ли?
Вообще для таких вещей существует ajax. То есть через JS делаешь запрос на сервер и тебе возвращается ответ, который обрабатывается JS уже на сайте. Читать тут - https://learn.javascript.ru/fetch

Скорее всего, проблема заключается в том, что PHP генерирует HTML и JavaScript код, но JavaScript код не выполняется, так как он не воспринимается браузером как часть документа.


Во-первых, убедитесь, что HTML элемент с id 'alert' существует на странице к тому моменту, когда выполняется JavaScript код. Если элемента нет, скрипт не сможет изменить его содержимое.

Во-вторых, убедитесь, что строка с JavaScript кодом корректно интерпретируется PHP и HTML. В вашей строке есть синтаксическая ошибка в атрибутах HTML тега div.

исправленный код:

 $stmt->execute([$search]); 
else $stmt->execute(NULL); 
$count = $stmt->rowCount(); 
while ($row = $stmt->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)) 
    getTablesTovar($row); 
echo "<script>document.getElementById('alert').innerHTML = '<div class=\"naideno\" style=\"float:right\">Найдено: $count</div>';</script>";  

Основные изменения:

Я использовал обратные косые черты (\) для экранирования кавычек внутри строки.
Проверил наличие элемента с id 'alert' в вашем HTML документе.

 <div id="alert"></div>