Have you been with Misha there?был ли ты там с Мишей? Правильно перевел?

Нет, я не был там с Мишей.

Да

Да

Мы с мишенькой таким занимались там?

Нет. Если известно, где и когда это было - в данном случае известно: там - то употребляется Past Simple: Were you with Misha there?
Present Perfect употребляется, когда неизвестно, где и когда - Where have you been?

Have you been there with Misha? Ты побывал там с Мишей? - звучит странновато
Вы с Мишей там побывали? Have you and Mike been there? - звучит привычно
Ты ездил туда с Мишей? Did you go there with Misha? - звучит привычно