Примет ли судья в гражданском процессе встречный иск если он административной подведомственности?

чушь какая-то

Если между встречным и первоначальным исками имеется взаимная связь и их совместное рассмотрение приведет к более быстрому и правильному рассмотрению споров (ст.138 ГПК)

Это другой вид судопроизводства, поэтому нет. Если после рассмотрения гражданского дела по существу будет принято решение по административному иску, которое может повлиять на решение по гражданскому делу, то Вы будете вправе обратиться с заявлением о пересмотре по вновь открывшимся обстоятельствам. Либо можно попросить суд приостановить рассмотрение гражданского дела до рассмотрения административного иска, но это будет правом, а не обязанностью суда.