Есть ли проги с отдельными окнами которые не закрываются при рисовании, ну типо референсы

Clip studio paint сам ей пользуюсь, можно и без лицензии, короче посмотри туториалы, там все объяснят

В krita вроде есть. По крайней мере можно найти подходящий плагин на официальном сайте, я видела там что-то подобное