Если я поступлю в вуз на целевое и буду должен отработать после обучения, смогу ли я отслужить альтернативную службу?

АГС не для каждого. Ответ на это можешь узнать прочитав закон. И в ВУЗ не стоит тебе поступать.

На АГС не направляют по первому твоему капризу, а только если ты своими доводами докажешь свое право на замену военной службы на АГС. И если решением призывной комиссии тебе одобрят АГС, то направляют потом решением Роструда только в те организации, которые есть в перечне ежегодно утверждаемом Правительством РФ. Как правило это низкооплачиваемые и малопрестижные должности типа санитара в госпитале для инвалидов, ну или почтальона в самом дальнем селе мухосранского уезда.

Перечень этот ты можешь свободно увидеть в интернете, там же и перечень должностей для прохождения АГС.

Коротко: На АГС без проблем. А вот зачесть срок АГС в обязательную отработку НЕТ.
Куда направят? Ну точно не к маме на диван. Куда-нибудь севернее, холоднее и малолюднее. Хотя, если ваше предприятие перед Мин труда сделает заявку на не квалифицированных работников, то возможно Да. Но не по своей специальности конечно.