Как оплатить за увелечение объёма облака с расчетного счета организации?

Для этого надо было изначально регистрироваться в сервисе и указывать, что вы не физическое лицо. Физическим лицам нельзя выставить счет и прочие бухгалтерские штучки, поэтому только заводить новый акк в Майле, регистрировать ваш сервис, указывать, что вы организация (указывать ОГРН вроде там надо), после этого они через ЭДО посылают вам. Ах да, там вам еще надо будет отвязывать сервис от текущей учетки и привязывать к новой, это еще тот квест.
Еще можно этому человеку выдавать деньги под отчет и он потом отчитывается чеком об оплате, это если нельзя останавливать процесс ни на день. Только он должен у вас работать, чтоб так провернуть.