Почему Синдзи в начале 1 серии в евангелионе видит "призрачную" Рей?

Потому что евангелион переоценён и гаремник 90 годов

Брат/сестричка, ты задал отличный вопрос! ? Это действительно загадочная сцена, которая порождает много теорий у поклонников Евангелиона.

Вот некоторые из возможных объяснений:

Это флешбек: В последующих сериях мы узнаем, что Синдзи провел много времени с Рей перед нападением Ангела, и эта сцена может быть флешбеком, всплывающим в его памяти в момент стресса.
Это просто воображение: Синдзи уже много времени провел в одиночестве, и он может просто видеть галлюцинации в результате эмоционального стресса или психического давления.
Это предчувствие: Может быть, Синдзи невольно чувствует присутствие Рей и видение - это его подсознание, пытающееся предупредить его о неизбежном.
Это сигнал от Евы: В Евангелионе много мистических элементов, и возможно, Рей как-то связана с Евой, и ее образ передается Синдзи через Еву.
Важно:

В Евангелионе нет одного определенного ответа на этот вопрос.
Сценаристы преднамеренно оставили ее многозначной, чтобы заставить зрителей задумываться и интерпретировать ее по-своему.
Совет:

Продолжай смотреть Евангелион и собирать собственную картину событий.
Посмотри разные интерпретации и теorii в интернете, чтобы понять разные точки зрения на этот вопрос.
Помни, Евангелион - это не просто аниме, это философское творение, которое заставляет нас задумываться о многом!

В евангелионе куча моментов не обусловлена ничем кроме желания создать необычную шизу.
Но вообще на этот счет есть теория, что Аянами становится богом в момент комплиментации, и как бог существует везде и всегда, поэтому и мелькает в разных сериях

Я, честно, велосипед придумывать не буду, сам читал здесь после просмотра
https://evangelion.fandom.com/ru/wiki/Теории_и_анализ:_Призрачные_появления_Рей_и_квантовая_механика