Почему перец хабанеро плохо растет?

Земля не подходит,возможно мало солнца или(и) тепла.

Нужно рыхлить и поливать

Они у Вас загущены,света явно не хватает ,и для таких малышей горшок велик.

огромный горшок с ужасно плохой почвой, старой, с выступившими солями.. семена перца сеют ( или пикируют) в отдельные стаканчики, чтоб корни не переплетались и не мешали друг другу, перцы - солнцелюбивые растения, нужен хороший свет (но не прямое солнце).
на фото мои перцы возраст 3 месяца, высажены семенами в марте. каждый в стакане по 0,5 литра, в прозрачном видно как корни нарастают, как вода поступает.. но из стакана нужно уже пересадить в горшок на 3-5 литров. Перцы при правильном уходе могут расти до 8-10 лет на одном месте!

Тесно растут, они вытягиваются, значит им и света не хватает, а почву похоже заливаете, корни не дышат.
А вообще перцы очень отзывчивы на подкормку азотными удобрениями, но это уже когда подрастут, сейчас им из почвы должно хватать.