Подскажите, НДС в сумме и НДС в том числе — это одно и то же?

всё верно, это несравниваемые значения. Самый правильный и понятный способ это писать в 3 столбца отдельно "Стоимость без НДС", "Сумма НДС", "Сумма с НДС". Но иногда пишут просто "Стоимость" или просто "Сумма" и тогда непонятно это стоимость с НДС или это стоимость без НДС, в этом случае фраза "в том числе НДС" вносит ясность.

Не совсем даже понимаю как ответить, много всяких если. Хотелось бы продолжения вопросов, всего предложения полностью. Есть три цифры так сказать. Стоимость с НДС, стоимость без НДС и сам НДС. Те три цифры. Х, Y, Z допустим.
Если НДС 20%, а стоимость чего-то с НДС 100 рублей, то стоимость без НДС 83,33, а сам НДС составляет 16,67 руб.
Поэтому важно смотреть не только текст, но и цифры. Смотря в каком контексте все написано.
НДС в сумме - значит можно понять утверждение, что он учтен в итоговой сумме.
НДС в сумме 500 рублей - уже можно понять, (если НДС 20%) что общая сумма 3 000,00 руб, сумма без НДС 2 500,00 а сам НДС 500 руб как и было сказано в начале предложения.

НДС в том числе - уже писали выше люди, соглашусь. Звучит как утверждение, что он уже учтен в сумме. В том числе НДС 20% 700 рублей. Значит можно понять, что Итоговая сумма 4 200,00 руб, а сумма без НДС 3 500,00 рублей.

Вот кстати рекомендую калькулятор НДС https://nds-bot.ru/ , я мало таких видела, где считает по трем переменным. Обычно калькуляторы типа прибавить НДС к сумме и вычесть НДС из суммы. Это только 2 переменных. А тут их три. Можно еще указать сам НДС, указать ставку НДС и он тебе по НДС рассчитает сумму с НДС и сумму без НДС. Рекомендую, сама регулярно пользуюсь перепроверяя документы по работе.