Как в MySQL8 отключить флуд-файлики (.cnf, .bin, .pem, .index, .log, .ibd) в директории баз которых не было в пред верс?

В файлах .pem ваши ключи для зашифрованного обмена информацией с чем-то, особенно приватный, его вообще никому показывать нельзя.
Если вы не понимаете чего-то, то это не означает, что оно не нужно.