Можно ли забрать с ВБ часть заказа

да

Нельзя... если только на оставшийся товар оформить возврат.
Забираешь сразу все что пришло на этот день. Долбо-проблемы ВБ состоят в том, что эти дебилы связывают код с человеком, а не с товаром.
С вероятностью 99% сотрудник ПВЗ отметит весь товар как полученный.. потом никому ничего не докажешь.