Если я обращусь насчёт замены паспорта в мосвку(проживаю в Москве) а место жительства стоит в паспорте Питер

Могут но не факт!

По месту постоянной регистрации( в паспорте)

Насколько мне известно, сейчас можно обратиться в любой МФЦ, вне зависимости от официального места жительства.

Верно. За оформлением паспорта надо обращаться по месту регистрации. Хотя и не обязательно. Только придется ждать дольше.

да, по месту прописки...

Езжай лучше в Питер сразу, потому что они сделают тебе паспорт в Москве,но прописку в нем не поставят.