Атмосфера действительно защищает Землю от мелких метеоритов: такие небольшие "небесные камни" тормозятся, разваливаются или взрываются в плотных (начиная примерно с 70-км-вой высоты) слоях атмосферы.
Более крупные метеориты, способные произвести обширный ударный кратер, падают на Землю (к счастью для нас) достаточно редко.
Для справки: самые "молодые" ударные кратеры на Земле датируются примерно двадцатью миллионами лет.
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%BF%D0%B8%D1%81%D0%BE%D0%BA_%D1%83%D0%B4%D0%B0%D1%80%D0%BD%D1%8B%D1%85_%D0%BA%D1%80%D0%B0%D1%82%D0%B5%D1%80%D0%BE%D0%B2_%D0%97%D0%B5%D0%BC%D0%BB%D0%B8 Однако даже эти крупные кратеры на Земле со временем сглаживаются, причём настолько, что их следы бывает обнаружить нелегко.
Дело в том, что на Земле существуют погода и геологическая активность.
Результатом первого фактора является выветривание и осадки, второй фактор уничтожает саму материковую кору в областях материковых коллизий.
Таким образом, мелкие кратеры отсутствуют из-за плотной атмосферы, а крупные давние кратеры заросли, сгладились или вовсе уничтожены вместе с древней материковой корой.