Как удалить файлы?

Да, можно удалить файлы из распакованного архива, даже если они перемешаны с другими файлами. Для этого:
Сортировка по дате: Если файлы были недавно распакованы, отсортируйте их по дате создания и удалите ненужные.
Использование архиватора: Некоторые архиваторы, такие как 7-Zip, позволяют редактировать содержимое архивов, удаляя файлы непосредственно из них