Чем функционален java script в отличии от java и почему щас мало кто применяет аплеты?

Потому что ни один современный браузен не запустит его из-за проблем с безопасностью. Через него тебе любой желающий установит на компьютер вирус, если ты просто перейдешь на страничку. Собственно, как и различные прочие плагины, сильверлайты и прочее.