Это легко сделать в "тунце" (iTunes). Можно сразу в весь альбом обложку вставить, а можно и по песне. И ваще, там отличный редактор тегов.
Или в JetAudiо
Можно вставить несколько обложек. Например, лицевую сторону, заднюю, разворот у двойника.
Кстати, JetAudiо ещё прекрасный всеядный видео/аудиоплеер и соответственно видео/аудио конверторы и ещё полно всякой хрени...типа CD рипера. Обложки и названия песен ищет сам.
Есть ещё спец редакторы тегов, но они мне не зашли от слова совсем....