Этот батник и обязан быть в автозагрузке. А нем проверка некоторого условия — например, наличие другого пустого файла, который является маркером рестарта. Надо просто уяснить, что любые пользовательские данные в машине содержатся изначально в файлах, и в памяти они после рестарта берутся тоже из файлов и больше ниоткуда они появиться не могут...