Потому что у тебя не указано, на каком окне расположено поле ввода, а также его расположение по сетке. И ещё местами лишние пробелы.
from tkinter import *
def after_BTN():
search = Tk()
search.title("Выбрать направление")
search.geometry("1920x1080")
From_text = Label(search, text="Откуда")
From_text.grid(column=0, row=0)
From = Entry(search)
From.grid(column=0, row=1)
window = Tk()
window.title("Brizzair купить авиабилеты")
window.geometry('1920x1080')
lbl_1 = Label(window, text="Добро пожаловать!", font=("Times New Roman", 32))
lbl_1.grid(row=5, column=9000)
BT = Button(window, text="Купить авиабилеты", font=("Times New Roman", 26), bg="blue", fg="white", command=after_BTN)
BT.grid(row=5000, column=9000)
window.mainloop()
Вот исправленный код