Можно ли так проучить котенка

Нет, нельзя проучить котенка, закрывая его в туалете. Это жестокое и некорректное обращение с животным. Котенок нуждается в правильном обучении и понимании, а не в насильственных методах. Лучше использовать положительное подкрепление и поощрение для формирования правильных привычек у котенка.

Он не поймёт за что.

Вряд ли он поймет, к чему вы его заперли.

он просто будет мяукать, животные они не люди, они не будут думать почему ты так поступил

Не надо. Найди его лужицу (или если где-то сделает) протри салфеткой и положи в лоток. Покажи ему. Должен-ходить на свой запах. Маленькие котята-так быстро и хорошо понимают. Моя со второго раза поняла

нет, он не поймет

Не получится. Котëнок не поймëт вашего наказания.

Он не поймёт - за что его закрыли...
Перетерпите - научится ходить куда надо....