В каком случае оправдано использование микроконтроллеров?

По моему дилетантскому мнению, потому что все эти ситуативные устройства - разные. А мк - он один на все случае. Его как бы один раз освоил, и можно программно выделывать из него что угодно на все случаи жизни (утрирую, конечно). А код уж написать... чего там, по клавишам 15 раз клацнуть. Иногда проще взять привычную козявку и написать к ней 10 строчек кода (и будешь уверен в том, как он будет работать), чем покупать малознакомую штуку и разбираться с ней)

В мигалке на NE нет смысла ставить микроконтроллер, как впрочем и саму NE-шку. Проще поставить мигающий светодиод.
В микроконтроллерах подкупает гибкость, возможность делать изменения вплоть до полной смены функции без необходимости что-то паять. Бывает возможным даже физические ошибки устранять программно.
Кстати, вы еще не знаете как дешево могут стоить некоторые контроллеры. На производстве например, они могут оказаться сравнимы с ценой NE-шки.