Как взаимодействуют аппаратное и программное обеспечение компьютера?

Через слой HAL ядра операционной системы, если очень упрощённо.

Помимо этого есть, например, в х86 архитектуре такая абстрация, как порты ввода-вывода . На некоторых архитектурах ее нет, тогда регистры устройства прицеплены к определённым адресам памяти.