Если книга имеет размер 100-200 мегабайт при загрузке в ридер она полностью загружается в память?

Нет. Читается корневой заголовок, где находятся деревья, например, страниц и указаны их смещения относительно начала файла. Затем при отображении требуемой страницы просто читается необходимое количество данных, начиная с указанного смещения (как правило еще несколько страниц вперед для прокрутки.)