Можно ли считать DIO over heaven каноничным или нет ?

Да. можно взять игру как альтернативная вселенная, вот и всё.

По большинству мнений комьюнити, его нельзя считать каноном, так как он появился лишь в игре, а не в официальном комиксе который будет экранизирован.

Можно. Сюжет же Араки писал