Почему слово тень когда-то имело мужской род, а сейчас женский?

Был тен, стало тень.

Всё меняется

Потому что "когда-то". Язык - это не кодекс законов Хамураппи, он меняется.

При образовании уменьшительных существительных род обычно сохраняется: "дверь - дверка", "лошадь - лошадка", "постель - постелька". Но "тень - тенёк", а не "тéнька". Как и "день - денек". Но когда‑то это слово было мужского рода, а сейчас — женского, но «тенёк» хранит память о давних временах.

В древности из-за слабой (не прокачанной цивилизацией) дикции не умели произносить чёткую согласную. А говорили с последующей гласной. Что-то вроде "диванЫ" или "диванЭ" вместо современного "диван". Или "Иванэ" вместо "Иван".

Такое произношение сохранилось до сих пор в стране 404 благодаря тёплым зимам, тормозящим эволюцию человека разумного.

И, наверное, современное слово "тень" в древности произносили как "тенЭ" или даже как "тэмынЭ", или "тэмэнЫ". Из-за обязательных гласных окончаний слова женского и мужского рода, и вообще, любого рода, звучали примерно одинаково. И даже множественного числа. И сопутствующая "обвязка" из глаголов и прилагательных тоже звучала одинаково.

В такой ситуации род слов едва просматривался и назначался интуитивно, не по звучанию слова, а по сходству "души" предмета с мужчиной (темпераментен или опасен) или женщиной.

Но тогда возникает вопрос, почему некоторые слова с мужской "душой", которые по логике должны (?) звучать грубо, сохранили полугласное (с мягким знаком) произношение на конце?

Хотя бы на примере слова "зверь"? Что здесь такого, чтобы заставить опасному существу назначить не просто мужской род, а с женским окончанием? Наверное, тут сыграло чувство некоторого отвращения к женщине, свойственное древнеславянскому патриархату. Или ощущение таинственности, свойственное тихому женскому "омуту".
)

Всё дело в беглом гласном. Сравним слова: день, пень, лень, сень, тень. Если изменять их по падежам и числам, можно заметить, что при склонении у слов «пень» и «день» гласный «е» пропадает (пня, дня; пни, дни). Это беглый гласный. Слова относятся к м.р. При склонении сущ-ых лень, сень, тень такое не происходит. Нет (чего?) лени, сени, тени. Это могло стать основанием для изменения рода.

на самом деле "мягкий знак" - поздний символ, раньше его не было.
слова женского рода кончались на "и", мужского - на "е"
но прошли годы, звуки редуцировались, и от "и" с "е" осталось только смягчение, обозначаемое "Ь", и стало не всегда очевидно, какого рода слово.
---
То же произошло с пресловутым Ером - "Ъ", на который сто лет назад заканчивались слова мужского рода, тоже когда был полноценный звук "А" или "О"
----
Кстати, вообще не факт, что тень изначально был мужского рода, это как раз могло быть отклонением
ибо тень из того же корня, что и "тьма" (темень) - а она женского

Чтобы не запутаться надо ориентироваться на шпионов они всегда в курсе последних редакций языка.

В старославянском было два слова для тени: СЕНЬ (женского рода) и СТЕНЬ (мужского рода). СТЕНЬ сохранилось в чешском stín "тень" (мужского рода), в польском cień "тень" тоже мужского рода. В русском языке ТЕНЬ стало женского рода видимо по аналогии со старославянским СЕНЬ, которое было в ходу ещё в пушкинское время.