Какая цепь ДНК мутирует(смысловая или матричная)?

Если в задании не упоминаются в том числе 3'- и 5'-концы, то можно предположить, что составители имели в виду смысловую цепь. Но это не важно, ведь мы не знаем ни длину последовательности, ни того, включает ли она в себя интроны (ну что за дурацкое задание?). Но ты и сам это знаешь, так что давай просто порассуждаем:
Вариант I
(длина последовательности превышает 9 нуклеотидов и все исходные кодоны кодировали аминокислоты, при этом 1-ый являлся старт-кодоном)
1) вновь образованный 1-ый кодон идентичен прежнему. При этом:
1а) вновь образованные 2-ой и 3-ий кодон кодируют прежние аминокислоты (последовательность сократилась на как минимум одну аминокислоту).
1б) один из вновь образованных 2-го и 3-го кодонов кодирует другую аминокислоту (последовательность сократилась на как минимум одну аминокислоту, и в ней изменилась одна аминокислота).
1в) вновь образованные 2-ой и 3-ий кодон кодируют другие аминокислоты (последовательность сократилась на как минимум одну аминокислоту, и в ней изменились две аминокислоты).
1г) один из вновь образованных 2-го и 3-го кодонов является стоп-кодоном (последовательность сократилась до одной или двух аминокислот).
2) вновь образованный 1-ый кодон кодирует другую аминокислоту или не кодирует аминокислоту, в т. ч. может являться стоп-кодоном. При этом
2а) вновь образованные 2-ой и 3-ий кодон кодируют прежние аминокислоты или не кодируют аминокислоты, в т. ч. один из них может являться стоп-кодоном (последовательность сократилась на как минимум три аминокислоты).
2б) вновь образованный 3-ий кодон кодирует прежнюю аминокислоту, а вновь образованный 2-ой кодон является старт-кодоном (последовательность сократилась на как минимум две аминокислоты, и как минимум одна аминокислота в ней изменилась).
2в) вновь образованный 3-ий кодон является стоп-кодоном, а вновь образованный 2-ой кодон является старт-кодоном (последовательность сократилась до одной аминокислоты).
2г) вновь образованный 3-ий кодон не кодирует аминокислоту, но не является стоп-кодоном, а вновь образованный 2-ой кодон является старт-кодоном (последовательность сократилась на как минимум три аминокислоты, и как минимум одна аминокислота в ней изменилась).
2д) вновь образованный 2-ой кодон кодирует прежнюю аминокислоту или не кодирует аминокислоту, в т. ч. может являться стоп-кодоном, а вновь образованный 3-ий кодон является старт-кодоном (последовательность сократилась на как минимум три аминокислоты, и как минимум одна аминокислота в ней изменилась).
Ну и морока... Давай это, дальше сам. Рассмотри вариант, когда в цепи всего 9 нуклеотидов, а также варианты с интронами. А я уже устал. Все равно мой ответ никто не прочитает.