Пока оба родителя не лишены родительских прав - вопросов возникнуть не должно. В любом случае при покупке недвижимости с использованием мат. капитала выделяется доли детям. Доля в недвижимости будет принадлежать ребенку и продать ее, без согласия опеки, будет невозможно.
Более подробно о доли ребенка в квартире можно почитать
здесь.